Al comienzo de la película se abre un breve interludio con el narrador, John Houston, que encarna a un simio conocido como The Lawgiver, nos encontramos en el año 2670. Volvemos rápidamente a lo que debería ser el comienzo del siglo XXI.
Estamos en un mundo post nuclear después de un holocausto. Un pequeño grupo de supervivientes humanos y simios reunidos en una pequeña aldea compuesta en su mayoría de casas en los árboles y que está gobernada por el rey César, el hijo de los simios del futuro: Cornelius y Zira. A diferencia de la ciudad de APE de la primera película, humanos y simios viven uno al lado del otro, aunque los simios están claramente en el escalafón más alto de la sociedad.
Parece que el rey César está teniendo problemas con el general Aldo y sus soldados, porque desean dominar y someter a los humanos. McDonald’s le dice a César que aún existen cintas de los padres en lugares subterráneos, de los cuales él había sido supervisor, bajo las capas radiactivas de la ciudad donde César fue una vez esclavo, lo que nos da entender que César junto a algunos gorilas será quien un día salvará la tierra, cumpliendo con la previsión de Cornelius en Huyendo del planeta de los simios.
Sarcoma Virgin y MacDonald regresan a la ciudad en ruinas, donde se encuentran con los humanos fuertemente controlados por el gobernador Kolp, otro de los antiguos asistentes de Breck. El regreso de César agita el sentimiento de venganza de Kolp. El general y su ejército mutante se dirigen a ciudad para recuperar la civilización para ellos mismos. César debe reunir a las tropas leales, lo que puede provocar una guerra civil entre los simios.
Después de algunas idas y venidas, empieza a hacerse evidente que los simios van a ganar la batalla. Luego se deja ver la involucración del entorno de Aldo en el asesinato del hijo de César, esto nos da a entender que un mono a matado a otro mono y por tanto que los simios son igual de peligrosos y pecaminosos que los humanos a los que desprecian.
Al final de la película se ve a César al lado de una estatua que parece llorar, no sabemos si es porque está cambiado el futuro y los hombres y los simios vivirán en armonía, o es porque los esfuerzos en última instancia no han servido para nada.
