A pesar de la muerte de Coba, la guerra desatada entre los simios y los seres humanos parece llegar a su fin. Los soldados estadounidenses, encabezados por el coronel, quieren capturar a César, el primate carismático y radiante líder de los simios que está caracterizado por su inteligencia, para así poder restaurar la primacía de la raza humana.
Por otra parte, se cumple hasta cierto punto la teoría sobre César expuesta en la precuela del capítulo original de la saga del planeta de los simios, pero todo esto viene acompañado de batallas, explosiones y derramamientos de sangre.
César abandona pronto la idea de alcanzar la paz con la facción enemiga, y para arreglar las pérdidas entre los suyos declara la guerra a la raza humana. Frente a él se congregan escuadrones blindados al mando de un coronel sin escrúpulos protagonizado por Woody Harrelson. Este último se niega a dar el planeta a los primates y a cualquier negociación con ellos, tienes gana la guerra al grito de “somos el principio y el fin” y marchará con sus tropas para destruir a todos los primates.
Por otra parte, un grupo de monos se encuentran en un desierto cubierto de nieve mientras buscan algo, porque es allí donde se esconde alguien que va a determinar el resultado del conflicto, el destino de las dos especies y el destino de todo el planeta.
Pero la película no es solo la historia de una inevitable batalla entre simios y humanos, también existen otro tipo de conflictos, como por ejemplo conflicto interno de la historia oscura que tiene César consigo mismo cuándo empieza a tener dudas de sus principios como mono, o de la esperanza de una paz plausible con los humanos que han herido a su comunidad de la peor forma posible.
En definitiva, se puede apreciar que está en guerra, tanto con los humanos como consigo mismo, esa dialéctica marcará profundamente la película de inicio fin.
Quizás nadie debiera esperar características posmodernas en esta película, alejándose de esquemas cinematográficos, cómo los que llevan a cabo directores mucho más atrevidos como Quentin Tarantino.