La conquista del planeta de los simios se lleva a cabo en 1991, 18 años después de los acontecimientos de la otra película de la saga huída del planeta de los simios, una época en la que los Estados Unidos se ha convertido en un país totalitario en el que el Ape Management entrena disciplinadamente a los simios, los cuales, a través de las fuerzas de seguridad, mantienen un control férreo de la población para mantener el orden social. Cornelius y Zira están muertos, pero dieron a luz a un mono bebé, al aquí encontraremos ya como un mono adolescente.
Al inicio de la película, Armando explica a César porque los simios son esclavos. Cornelius explicó que los humanos tomaron como mascotas a los simios porque una plaga logró eliminar a todos los gatos y los perros. Cornelio luego explicó que los simios se convierten en esclavos, después de muchos años de esclavitud, hubo un simio que pronunció la primera palabra de resistencia «NO». Ahora, sin embargo, los acontecimientos se han movido una velocidad mucho mayor de la que Cornelius predijo.
Tomando menos de 20 años en lugar de los muchos siglos que él pensaba. Parece que los esfuerzos del doctor Otto Hassiein en la última película han sido inútiles, a pesar de que el presidente de los Estados Unidos era consciente de los peligros que suponían los simios que estaban empezando a hablar.
El propietario del circo, ha ido evitando las ciudades permaneciendo la mayor parte del tiempo en pequeños circos de provincias en un entorno rural, en un esfuerzo por proteger a César. Poco a poco los simios parlantes irán aumentando, hasta irse convirtiendo en un ejército potente.
La película termina con César rechazando la violencia hacia el hombre, comúnmente recordado por su famoso discurso que acaba con la frase: !Esta noche hemos visto nacer el planeta de los simios!
